تتضمن مهام شعبة التدقيق والرقابة الداخلية التحقق من الالتزام بالأنظمة والتعليمات المالية والإدارية، وجرد المخزون والموجودات بشكل مفاجئ وسنوي، وتدقيق الحسابات الختامية وموازين المراجعة. كما تُعنى بمتابعة عمليات الشراء والصرف، ومراجعة الرواتب والحوافز، وتقييم فعالية أنظمة الرقابة الداخلية، ورفع تقارير دورية لرئاسة الجامعة أو عميد الكلية.
