يُعدّ قسم التحليلات المرضية أحد أقسام كلية العلوم الطبية التطبيقية في جامعة المثنى، وقد عمل على أن يكون نموذجاً يُحتذى به من قبل أقسام التحليلات المرضية المناظرة له في الجامعات العراقية، بما يجعله رائداً في هذا الحقل المعرفي من الناحيتين الأكاديمية والبحثية. يحصل خريج القسم على درجة البكالوريوس في التحليلات المرضية ليؤدي دوره محلّلاً في المختبرات الطبية التابعة للمستشفيات الحكومية والأهلية والمختبرات الأهلية المنتشرة في المدن. ويضع القسم نفسه شريكاً كاملاً في تطوير الخدمات الصحية في مدننا العراقية، من خلال الانفتاح على المجتمع وتقديم أفضل الخدمات في مجالات تنمية الأنشطة المرتبطة بالتحاليل المرضية المختلفة وتلبية احتياجات المجتمع المتغيرة. ويقع على عاتق القسم أن يواكب التقدم السريع في مجال التحليلات المرضية الأساسية والسريرية النوعية، من خلال تطوير المناهج والخطط الدراسية، وتوفير الكفاءات العلمية المؤهلة للتدريس، وتجهيز مختبرات القسم بأحدث التجهيزات نوعاً وكماً، والاهتمام بجوانب البحث العلمي وإنشاء برامج ترتقي بالقسم، مع وجود دراسات عليا لرفع وتيرة البحث العلمي والنهوض بمستوى التعليم في العراق.

نشأ قسم التحليلات المرضية وفق حاجة المجتمع إلى كوادر متخصصة خدمية ذات مواصفات علمية ومعايير تقنية حديثة، بالإضافة إلى تهيئة تلك الكوادر للعمل في المؤسسات الصحية والبحثية المختلفة ودعم القطاع الخاص، بما يسهم في توفير الرعاية الصحية للمرضى وتشخيص الأمراض بدقة عالية حسب أفضل المواصفات العالمية القابلة للتطبيق في العراق، من خلال تخريج كوادر متخصصة في التحاليل المرضية بخلفية مهنية يكون فيها المريض محور الاهتمام. وللقسم رسالة مستقبلية واضحة ذات طموح عالٍ، تسعى إلى تقديم أجود الخدمات وتطوير الكادر التدريسي والطلابي في مجالات البحث العلمي والمعرفي، وافتتاح الدراسات العليا من أجل زيادة رصيد الجامعة التخصصي وخدمة المجتمع، وتوسيع آفاق التعاون العلمي مع الأقسام المناظرة والمؤسسات ذات العلاقة، بما يحقق عطاءً وتفاعلاً مستمراً وعالي الجودة.

• تخريج ملاكات متخصصة قادرة على العمل في المختبرات الطبية وإجراء كافة التحليلات والفحوصات التي تخص الدم وسوائل الجسم الأخرى، وإجراء الاختبارات المايكروبيولوجية والكيميائية للكشف عن البكتريا وسمومها، والكشف المختبري عن الطفيليات والإصابات بالأمراض الفيروسية، وتشغيل مختلف الأجهزة الطبية الإلكترونية والكهروميكانيكية بأنواعها (قياسية، تشخيصية، علاجية) وإدامتها.
• تطوير الوعي الثقافي والمهني للطالب لخلق شخصية علمية واعية بما يؤهل الخريجين للمساهمة الفعالة في خدمة المجتمع.
• تطوير القدرات البحثية والعلمية والتقنية للتدريسيين والخريجين ومواكبة التطورات الحديثة، والحث على استخدام الأساليب المتطورة في مجالات الاختصاص.
• العمل على إعداد كوادر مهنية علمية وفنية متخصصة للعمل في مختبرات المستشفيات ومفاصل وزارة الصحة والمختبرات العامة والخاصة والدوائر الأخرى ذات العلاقة بما يخدم المجتمع.
• العمل على إقامة علاقات علمية وبحثية وطيدة مشتركة مع الأقسام المناظرة في الجامعة والجامعات الأخرى، من خلال المشاركة في الندوات والدورات وورش العمل التدريبية واستثمارها لتطوير القدرات، وكذلك المنفعة المتبادلة خدمة للصالح العام.
• تطوير المهارات المختبرية لخريجي قسم التحليلات المرضية من خلال تدريبهم في المستشفيات خلال العطلة الصيفية.
• البحث في المواضيع الحديثة وتعريف المشكلات التي تحتاج إلى المزيد من البحث العلمي المعمق.